タンパク質電荷計算機
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タンパク質電荷計算機は、荷電アミノ酸の存在に基づいて、pH 7におけるタンパク質配列の正味電荷を決定するのに役立ちます。タンパク質電荷の理解は、生化学的状況における溶解性、安定性、および相互作用を予測するために不可欠です。
計算機の仕組み
- 考慮されるアミノ酸: pH 7で有意な電荷を持つ主要なアミノ酸は、アスパラギン酸(D)、グルタミン酸(E)、リジン(K)、アルギニン(R)、およびヒスチジン(H)です。
- 電荷値: 使用される近似電荷は次のとおりです。
- D、E：-1
- K、R：+1
- H：+0.1（側鎖pKaによる部分電荷）
計算例
"DEKRH"のような配列の場合、正味電荷は次のようになります。 \[ \text{正味電荷} = (-1) + (-1) + (+1) + (+1) + (+0.1) = +0.1 \]
応用と重要性
タンパク質電荷の計算は、タンパク質の精製、製剤、および構造生物学において重要であり、電荷はタンパク質がさまざまな条件下でどのように挙動するかを左右します。